Download Complete Code in PDF Here --- PDF File - R Markdown 




library("sand", lib.loc="~/R/win-library/3.1")

## Loading required package: igraph
##
## Attaching package: 'igraph'
##
## The following objects are masked from 'package:stats':
##
##     decompose, spectrum
##
## The following object is masked from 'package:base':
##
##     union
##
## Loading required package: igraphdata
##
## Statistical Analysis of Network Data with R
## Type in C2 (+ENTER) to start with Chapter 2.

library("rgl", lib.loc="~/R/win-library/3.1")
library("igraph", lib.loc="~/R/win-library/3.1")

g <- graph.formula(1-2, 1-3, 2-3, 2-4, 3-5, 4-5, 4-6,4-7, 5-6, 6-7)
g

## IGRAPH UN-- 7 10 --
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
##  [1] 1--2 1--3 2--3 2--4 3--5 4--5 4--6 4--7 5--6 6--7

#
V(g) # # Vertex sequence: this differs from Github code for Book

## + 7/7 vertices, named:
## [1] 1 2 3 4 5 6 7

E(g) ## Edge sequence: this differs from Github code for Book

## + 10/10 edges (vertex names):
##  [1] 1--2 1--3 2--3 2--4 3--5 4--5 4--6 4--7 5--6 6--7

str(g)

## IGRAPH UN-- 7 10 --
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
## 1 -- 2, 3
## 2 -- 1, 3, 4
## 3 -- 1, 2, 5
## 4 -- 2, 5, 6, 7
## 5 -- 3, 4, 6
## 6 -- 4, 5, 7
## 7 -- 4, 6

#
# -- Own Code Snippet Starts - Dhankar
g1 <- graph.formula(1-5, 1-7, 2-9, 2-4, 3-5, 4-5, 4-6,4-7, 5-6, 6-7,7-8,8-9)
g1

## IGRAPH UN-- 9 12 --
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
##  [1] 1--5 1--7 5--4 5--3 5--6 7--4 7--6 7--8 2--9 2--4 9--8 4--6

#
V(g1) # # Vertex sequence: - Own Code Snippet - Dhankar

## + 9/9 vertices, named:
## [1] 1 5 7 2 9 4 3 6 8

E(g1) ## Edge sequence: Own Code Snippet - Dhankar

## + 12/12 edges (vertex names):
##  [1] 1--5 1--7 5--4 5--3 5--6 7--4 7--6 7--8 2--9 2--4 9--8 4--6

str(g1)

## IGRAPH UN-- 9 12 --
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
##  [1] 1--5 1--7 5--4 5--3 5--6 7--4 7--6 7--8 2--9 2--4 9--8 4--6

plot(g1)

# ?igraph
rglplot(g1)
## Not run:
g2 <- make_lattice( c(5,5,5) )
coords <- layout_with_fr(g2, dim=3)
rglplot(g2, layout=coords)
str(g2)

## IGRAPH U--- 125 300 -- Lattice graph
## + attr: name (g/c), dimvector (g/n), nei (g/n), mutual (g/l),
## | circular (g/l)
## + edges:
##   1 --   2   6  26                 2 --   1   3   7  27       
##   3 --   2   4   8  28             4 --   3   5   9  29       
##   5 --   4  10  30                 6 --   1   7  11  31       
##   7 --   2   6   8  12  32         8 --   3   7   9  13  33   
##   9 --   4   8  10  14  34        10 --   5   9  15  35       
##  11 --   6  12  16  36            12 --   7  11  13  17  37   
##  13 --   8  12  14  18  38        14 --   9  13  15  19  39   
##  15 --  10  14  20  40            16 --  11  17  21  41       
##  17 --  12  16  18  22  42        18 --  13  17  19  23  43   
##  19 --  14  18  20  24  44        20 --  15  19  25  45       
##  21 --  16  22  46                22 --  17  21  23  47       
##  23 --  18  22  24  48            24 --  19  23  25  49       
##  25 --  20  24  50                26 --   1  27  31  51       
##  27 --   2  26  28  32  52        28 --   3  27  29  33  53   
##  29 --   4  28  30  34  54        30 --   5  29  35  55       
##  31 --   6  26  32  36  56        32 --   7  27  31  33  37  57
##  33 --   8  28  32  34  38  58    34 --   9  29  33  35  39  59
##  35 --  10  30  34  40  60        36 --  11  31  37  41  61   
##  37 --  12  32  36  38  42  62    38 --  13  33  37  39  43  63
##  39 --  14  34  38  40  44  64    40 --  15  35  39  45  65   
##  41 --  16  36  42  46  66        42 --  17  37  41  43  47  67
##  43 --  18  38  42  44  48  68    44 --  19  39  43  45  49  69
##  45 --  20  40  44  50  70        46 --  21  41  47  71       
##  47 --  22  42  46  48  72        48 --  23  43  47  49  73   
##  49 --  24  44  48  50  74        50 --  25  45  49  75       
##  51 --  26  52  56  76            52 --  27  51  53  57  77   
##  53 --  28  52  54  58  78        54 --  29  53  55  59  79   
##  55 --  30  54  60  80            56 --  31  51  57  61  81   
##  57 --  32  52  56  58  62  82    58 --  33  53  57  59  63  83
##  59 --  34  54  58  60  64  84    60 --  35  55  59  65  85   
##  61 --  36  56  62  66  86        62 --  37  57  61  63  67  87
##  63 --  38  58  62  64  68  88    64 --  39  59  63  65  69  89
##  65 --  40  60  64  70  90        66 --  41  61  67  71  91   
##  67 --  42  62  66  68  72  92    68 --  43  63  67  69  73  93
##  69 --  44  64  68  70  74  94    70 --  45  65  69  75  95   
##  71 --  46  66  72  96            72 --  47  67  71  73  97   
##  73 --  48  68  72  74  98        74 --  49  69  73  75  99   
##  75 --  50  70  74 100            76 --  51  77  81 101       
##  77 --  52  76  78  82 102        78 --  53  77  79  83 103   
##  79 --  54  78  80  84 104        80 --  55  79  85 105       
##  81 --  56  76  82  86 106        82 --  57  77  81  83  87 107
##  83 --  58  78  82  84  88 108    84 --  59  79  83  85  89 109
##  85 --  60  80  84  90 110        86 --  61  81  87  91 111   
##  87 --  62  82  86  88  92 112    88 --  63  83  87  89  93 113
##  89 --  64  84  88  90  94 114    90 --  65  85  89  95 115   
##  91 --  66  86  92  96 116        92 --  67  87  91  93  97 117
##  93 --  68  88  92  94  98 118    94 --  69  89  93  95  99 119
##  95 --  70  90  94 100 120        96 --  71  91  97 121       
##  97 --  72  92  96  98 122        98 --  73  93  97  99 123   
##  99 --  74  94  98 100 124       100 --  75  95  99 125       
## 101 --  76 102 106               102 --  77 101 103 107       
## 103 --  78 102 104 108           104 --  79 103 105 109       
## 105 --  80 104 110               106 --  81 101 107 111       
## 107 --  82 102 106 108 112       108 --  83 103 107 109 113   
## 109 --  84 104 108 110 114       110 --  85 105 109 115       
## 111 --  86 106 112 116           112 --  87 107 111 113 117   
## 113 --  88 108 112 114 118       114 --  89 109 113 115 119   
## 115 --  90 110 114 120           116 --  91 111 117 121       
## 117 --  92 112 116 118 122       118 --  93 113 117 119 123   
## 119 --  94 114 118 120 124       120 --  95 115 119 125       
## 121 --  96 116 122               122 --  97 117 121 123       
## 123 --  98 118 122 124           124 --  99 119 123 125       
## 125 -- 100 120 124

V(g2)$name <- c("Sam", "Mary", "Tom","3","4","5") # TBD this gives an error

## Warning in vattrs[[name]][index] <- value: number of items to replace is
## not a multiple of replacement length

##
## Source - http://sna.stanford.edu/ - forked as is on 04 SEP 15
##########################################################################
# You may cite these labs as follows: McFarland, Daniel, Solomon Messing,
# Mike Nowak, and Sean Westwood. 2010. "Social Network Analysis         
# Labs in R." Stanford University.                                      
##########################################################################

magact96 = read.delim("http://sna.stanford.edu/sna_R_labs/data/mag_act96.txt", na.strings = "na", check.names = FALSE)
magact97 = read.delim("http://sna.stanford.edu/sna_R_labs/data/mag_act97.txt", na.strings = "na", check.names = FALSE)
magact98 = read.delim("http://sna.stanford.edu/sna_R_labs/data/mag_act98.txt", na.strings = "na", check.names = FALSE)
#
# (2) Create the attribute data. Attributes appear the same
# from 1996-1998
magattrib = magact96[,1:4]




#
# # Directional Graph Code - TBD --
# dg <- graph.formula(Sam-+Mary, Sam-+Tom, Mary++Tom)
# str(dg)




=====================================

# install.packages("sand")
library("sand", lib.loc="~/R/win-library/3.1")

## Loading required package: igraph
##
## Attaching package: 'igraph'
##
## The following objects are masked from 'package:stats':
##
##     decompose, spectrum
##
## The following object is masked from 'package:base':
##
##     union
##
## Loading required package: igraphdata
##
## Statistical Analysis of Network Data with R
## Type in C2 (+ENTER) to start with Chapter 2.

library(sand)
library(igraph)
g <- graph.formula(1-2, 1-3, 2-3, 2-4, 3-5, 4-5, 4-6,4-7, 5-6, 6-7)
g

## IGRAPH UN-- 7 10 --
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
##  [1] 1--2 1--3 2--3 2--4 3--5 4--5 4--6 4--7 5--6 6--7

#
V(g) # # Vertex sequence: this differs from Github code for Book

## + 7/7 vertices, named:
## [1] 1 2 3 4 5 6 7

E(g) ## Edge sequence: this differs from Github code for Book

## + 10/10 edges (vertex names):
##  [1] 1--2 1--3 2--3 2--4 3--5 4--5 4--6 4--7 5--6 6--7

str(g)

## IGRAPH UN-- 7 10 --
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
## 1 -- 2, 3
## 2 -- 1, 3, 4
## 3 -- 1, 2, 5
## 4 -- 2, 5, 6, 7
## 5 -- 3, 4, 6
## 6 -- 4, 5, 7
## 7 -- 4, 6

#
# -- Own Code Snippet Starts - Dhankar
g1 <- graph.formula(1-5, 1-7, 2-9, 2-4, 3-5, 4-5, 4-6,4-7, 5-6, 6-7,7-8,8-9)
g1

## IGRAPH UN-- 9 12 --
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
##  [1] 1--5 1--7 5--4 5--3 5--6 7--4 7--6 7--8 2--9 2--4 9--8 4--6

#
V(g1) # # Vertex sequence: - Own Code Snippet - Dhankar

## + 9/9 vertices, named:
## [1] 1 5 7 2 9 4 3 6 8

E(g1) ## Edge sequence: Own Code Snippet - Dhankar

## + 12/12 edges (vertex names):
##  [1] 1--5 1--7 5--4 5--3 5--6 7--4 7--6 7--8 2--9 2--4 9--8 4--6

str(g1)

## IGRAPH UN-- 9 12 --
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
##  [1] 1--5 1--7 5--4 5--3 5--6 7--4 7--6 7--8 2--9 2--4 9--8 4--6